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北单比分直播新浪爱:論文解讀--馬來西亞石斑魚養殖場弧菌分布調查

出處:公眾號水生動物健康評估 作者:陸枝 水產養殖網 2019-11-22 09:25:00

弧菌會侵襲魚類,蝦類和其他水生動物,導致弧菌病,造成嚴重的經濟損失?;【惴悍植加諍Q蠛禿涌諢肪持?,屬弧菌科,目前由147種和4個亞種組成。今天給大家分享一篇使用gyrB和pyrH基因分離弧菌的文章,引用信息如下:
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分子鑒定
16S rRNA基因已被廣泛用作鑒定物種的分子標記。但是,弧菌屬16S rRNA難以區分親緣關系較近的物種。此外,16S rRNA基因的種內(98.8%–100%)和種間(97.6%–99.9%)序列的相似性,以及大量的重疊導致幾乎沒有區分能力。
 
管家基因
例如gyrB和pyrH基因,通常用于聚合酶鏈反應(PCR)和多基因座序列分析(MLSA)中,以確定弧菌屬的物種多樣性。由于兩個基因的種內和種間距離略有重疊,因此與16S rRNA基因相比,gyrB和 pyrH基因具有較高的區分能力。
 
樣品分離
從馬來西亞半島的四個石斑魚養殖場中分離弧菌。從四個農場的77個樣本(64%)中成功分離出147株弧菌,來自北部的24株(16%),來自東部的30株(21%),來自中部的66株(45%),和來自南部農場的27株(18%)。從脾中分離出62株(42%),從腎臟中分離出45株(31%),從肝中分離出40株(27%)。
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gyrB和pyrH序列的系統發育分析
對gyrB序列的分析顯示,有131個(89%)菌株可以分為六種弧菌。共有63株(43%)被鑒定為哈維氏弧菌,53株(36%)為溶藻弧菌, 8株(5%)為副溶血弧菌, 3株(2%)為塔式弧菌,1株(1%)為創傷弧菌。另外,使用該基因不能區分哈維氏弧菌和輪蟲弧菌。
 
通過分析pyrH序列,可以鑒定所有147株菌株(100%),然后將其分為11個弧菌屬菌株。其中3個弧菌屬在馬來西亞養殖場中為優勢種,如創傷弧菌,哈氏弧菌和副溶血性弧菌。共有49株(33%)創傷弧菌。

小結
與gyrB相比,對pyrH比較更適合于弧菌的物種鑒別,因此使用pyrH基因來確定馬來西亞半島魚類樣品中的弧菌物種,證明了pyrH基因可對石斑魚樣本中弧菌的多樣性進行可靠的物種鑒定。


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